ภูฏานเคยเป็นที่อยู่อาศัยของมนุษย์ตั้งแต่ 4,000 ปีแล้ว โดยมีหลักฐานทางโบราณคดีบ่งชี้ถึงการตั้งถิ่นฐานในภูฏานย้อนกลับไปประมาณ 2,000 – 1,500 ปีก่อนคริสตกาล ในสมัยโบราณภูฏานมีชื่อเรียกหลายชื่อด้วยกัน จนมาถึงในศตวรรษที่ 17 เป็นที่รู้จักในชื่อ ดรุกยุล (Drukyul) ซึ่งหมายถึงดินแดนแห่งมังกรสายฟ้า แต่ประเทศอื่นมักเรียกดินแดนนี้ว่า ภูฏาน ซึ่งเป็นคำภาษาสันสกฤต คือ ภู+อุฏฺฏาน มีความหมายว่า “แผ่นดินบนที่สูง”
ชาวภูฏานนับถือลัทธิโบน ในศตวรรษที่ 18 ภิกษุอินเดียนามว่า คุรุปัทมสัมภวะ (Guru Padmasambhava) หรือที่รู้จักในนาม กูรู รินโปเช (Guru Rinpoche) ได้เข้ามาเผยแพร่พระพุทธศาสนาในภูฏาน และเป็นที่นิยม ต่อมาชาวภูฏานส่วนใหญ่จึงหันมานับถือพุทธศาสนาจนถือเป็นศาสนาประจำชาติ มีศาสนาฮินดูที่คนนับถือรองลงมา และมีส่วนน้อยที่นับถือศาสนาคริสต์
ก่อนภูฏานจะรวมเป็นปึกแผ่น หัวหน้าผู้ปกครองเผ่าต่างๆ ได้ทำสงครามสู้รบกันเพื่อชิงความเป็นใหญ่มาโดยตลอด
พ.ศ. 2159 พระธิเบตนามว่า “ท่านซับดรุง งาวัง นัมเกล” (Zhabdrung Ngawang Namgyal) ได้สร้างรากฐานความเป็นชาติของภูฏานขึ้น โดยได้วางระบบการปกครองคู่ขนาน ที่เรียกว่า Choe Sid (แบบแผนการปกครองที่ใช้หลักจิตวิญญาณและศาสนา) ต่อมา พ.ศ. 2194 ท่านซับดรุงมรณะภาพทำให้เกิดความวุ่นวายทางการเมืองยืดเยื้อ
พ.ศ. 2450 “สมเด็จพระราชาธิบดีโอกยัน วังชุก” (Gongsar Ugyen Wangchuck) ทรงรวมอำนาจเป็นหนึ่งเดียว และขึ้นครองราชย์เป็นสมเด็จพระราชาธิบดีพระองค์แรกของภูฏาน โดยทรงขึ้นครองราชย์ที่พูนาคาซอง ในวันที่ 17 ธันวาคม พ.ศ. 2450 ด้วยเหตุนี้วันที่ 17 ธันวาคม จึงถือเป็นวันเฉลิมฉลองวันชาติของภูฏาน
พ.ศ. 2549 “สมเด็จพระราชาธิบดีจิกมี ซิงเย วังชุก” กษัตริย์องที่ 4 แห่งราชวงศ์วังชุกได้ทรงสละราชสมบัติ
พ.ศ. 2551 “สมเด็จพระราชาธิบดีจิกมี เคเซอร์ นัมเกล วังชุก” ได้ประกอบพิธีบรมราชาภิเษกเป็นกษัตริย์อย่างเป็นทางการ และมีการประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับแรกเมื่อวันที่ 18 กรกฎาคม พ.ศ. 2551 ภูฏานจึงได้เปลี่ยนระบบการปกครองจากสมบูรณาญาสิทธิราชย์ไปเป็นระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุขจนถึงปัจจุบัน